对于涉及研发的企业，持有的技术是申请专利还是以商业秘密的形式进行保护，取决于企业的发展战略。两者各有利弊，两种手段的运用，才能体现企业的知识产权运营水平。
企业所研发的技术可分为前瞻性的技术和改进性的技术，也存在容易逆向破解和不容易逆向破解的维度。因此，选择何种手段，需要综合考虑。
如果技术是领先程度较高的技术。甚至领先当前水平数十年，远超专利的最长保护期限二十年。这样的技术显然不适合用专利来保护。
专利的本质就是通过公开来获取公权力的保护。而且公开程度必须达到看着专利文件就能实施方法，造出产品的程度。对于一些“一点就破”的技术，比如历史上著名的“价值百万法郎让玻璃没有气泡的技术——搅拌”，如果使用专利保护，就会很快的失去商业价值。
而对于一些商业价值很高，但容易逆向破解的产品，申请专利就非常必要了。比如机械制造类的产品。很多情况下，机械产品的结构都是显而易见的，仿制难点在于材料而不是结构，最终商品可能只在性能和使用寿命上略有差距，原产商就很容易受到市场的冲击。
此外，专利和商业秘密都有各自的局限性。
专利是地域性的保护，但公开的范围却是全世界的。可能因为地域的差别出现技术无法申请专利的状况。比如印度对仿制药工业的保护，2005年以前不承认西方的药物具有专利，2005年后又通过”药物强制专利许可“来支撑本土药企。
商业秘密尽管没有地域性和时间上的限制，但商业秘密的泄露和难以追责是使用商业秘密保护的最大障碍。商业秘密一旦泄露，很难挽回市场损失。试想，可口可乐如果早些年配方泄露，或许”可口可乐“这个品牌早就淹死在各种口味的可乐中了。
企业拥有技术是竞争力的体现，为了实现利益最大化，根据技术的性质选择多种手段进行保护最重要。企业的核心技术是颗糖，不想让对方看到就要用层层的糖纸包裹起来，糖是商业秘密，糖纸就是专利。
企业知识产权保护不是一时一地的事情，也没有一劳永逸的方法，只有找到法务、市场、研发等各环节的结合点，综合考虑才能做出决策。
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